Basilikan i Assisi består av två kyrkor som står på varandra. Under högaltaret i den nedre ligger Franciskus grav.
Basilica di San Francesco består av två kyrkor som är byggda på varandra: en nedre i romansk stil och en övre i gotisk stil. Klostret intill, Sacro Convento, reser sig över dalen nedanför och ger intryck av en fästning.
Franciskus dog den 3 oktober 1226 och förklarades som helgon av påve Gregorius IX den 16 juli 1228. Samma månad lades grundstenen till basilikan. Underkyrkan var klar senast den 25 maj 1230, när Franciskus kvarlevor flyttades dit. Överkyrkan stod klar 1253 och invigdes av påve Innocentius IV. Bygget leddes av bror Elias av Cortona.
Graven är en enkel sarkofag av sten, inneslutet i en stenpelare under högaltaret i den nedre kyrkan. Graven hölls dold och hittades på nytt 1818. Kryptan öppnades för pilgrimer 1820. Fyra av Franciskus första följeslagare, bröderna Leo, Masseo, Rufino och Angelo, vilar i nischer intill graven.
I den övre kyrkans långhus finns en cykel med 28 scener ur Franciskus liv. Många konsthistoriker tillskriver den Giotto, men frågan är omstridd, och andra menar att freskerna är målade av en romersk verkstad. Presbyteriet är dekorerat av bland andra Cimabue. I den nedre kyrkan målade Giotto och hans verkstad omkring 1315 korsvalvet ovanför högaltaret. Pietro Lorenzetti målade passionsscener i vänster tvärskepp, och Simone Martini dekorerade San Martino-kapellet med tio fresker 1317–1319.
Den 26 september 1997 drabbades Assisi av två jordskalv. Vid en inspektion efteråt fick en efterskakning delar av valvet i överkyrkan att rasa, och fyra människor omkom. Från de förstörda partierna samlade man in över 80 000 fragment från omkring 130 kvadratmeter fresker. Basilikan öppnade igen i slutet av november 1999, nedre kyrkan först, och valvet var helt återställt 2006.
Sedan 2000 ingår basilikan i Unescos världsarv, under namnet Assisi, the Basilica of San Francesco and Other Franciscan Sites.
Läs också om Castiglione del Lago, Perugia och Spello, eller se reseidén Umbrien, Italiens gröna hjärta. Fler guider och resor finns på sidan för Umbrien.
